国内高等院校及国家科研机构是科学仪器的重要客户，占有科学仪器的主要消费市场。长期以来，国家海关对高等院校及科研机构购买进口大型科学仪器给予关税和增值税的减免政策，相当于很大程度上降低了这些院校机构采购进口产品的实际价格。一方面，这样的免税政策表面减轻了国家因为科研经费拨款带来的财政负担。而在实际上，由于这种政策并不给予国产的科学仪器生产商，从而造成了进口仪器与国产仪器在市场上的不公平竞争，大大地损害了国产科学仪器的健康发展。
长期以来，人们观念上总是有个误区：即认为国产仪器制造成本上要比进口仪器来得低。这和和实际情况严重不符。一方面，进口仪器起步早，经过多年的研制，技术，工艺上比较成熟，许多仪器已经没有前期开发的费用。即便是新款仪器的迭代，也是从已有的仪器的基础上改进，并不需要有许多的研发投入。相反，国产仪器大多从零起步，一台能满足市场需求的仪器，往往需要有许多前期研发投入。无论是机械、电子，国内供应商的制造能力和先进国家还存在在差距，许多部件的成品率还是比较低，造成了生产成本的上升。毋庸讳言，目前国产仪器的一些关键部件，如质谱仪中需要的分子泵、检测器等，需从国外采购。而国外的供应商一方面把这些卖给中国客户的部件的价格订得比给本国的客户要高，另一方面获取这些部件还要通过他们在中国代理商的渠道，代理商再从中加价。这也是国产仪器成本高的另一个重要原因。进口仪器的一些劳动密集型的制造，实际上许多也是在劳动力比较低廉的国家完成的。所以，相比进口仪器，国产的仪器亦没有劳动成本的优势。综合而言，国内目前科学仪器制造的成本，接近或高于进口仪器。
为了发展我国的科学仪器事业，政府采取的优惠政策本应向国内生产厂商倾斜。但遗憾的是，目前国内进口仪器的这些免税政策只给外国公司带来利益。考虑到免进口关税，增值税等，进口仪器的优惠达到仪器价格的17%以上。外国公司为了打压国产仪器，通常视情况已对国内买家采取一些价格上的灵活策略。海关的免税政策，等于在这价格上再打上个八折。而国产仪器却要付清全部的税收，国内仪器公司可能的盈利空间大大地被挤压。
以电感耦合等离子质谱(ICP-MS)为例。目前国外三大生产商的的每台价格在12万美元左右，折合人民币80多万元。在免税政策的优惠下，这80多万就是进口仪器供应商的实际收入。如果国产商的定价也在相同的范围，则国产商要向国家缴纳大约20万元人民币的税收。实际的收入就可能只有60万。即便是国产仪器商再降低价格(不盈利甚至亏本)，由于许多高等院校及科研机构用来购买仪器的都是国家拨款的经费，价格上节省10%不会是采购者优先考虑的因素。加上行业中普遍对国产仪器的偏见，国产科学仪器进入高校或国有科研机构困难重重。一方面对进口仪器采取减税，一方面国产仪器又得缴纳全税收，这相当国产仪器在为进口仪器买单。对于国产仪器来说，这种政策是极为不公平的。
近二十年来，政府对国产科学仪器的研发有了不少的投入。在国家“863”、“973”、科技部重大科学仪器等专项的支持下，国产仪器产业有了较大的发展。国内的仪器制造商也非常努力，研制出如等离子质谱仪，液相色谱 — 极杆串联质谱仪等一批较为高端的科学仪器。有些仪器在性能和可靠性上并不比进口仪器差，完全可以满足具体应用单位的实际需要，甚至满足高校及科研机构的科研需要。但研发出来的仪器要能产业化，要能当成商品仪器卖给所需要的机构才有意义。国产仪器商同样需要盈利才能生存和发展。而仪器市场的公平竞争，是国产仪器产业化能长期进行下去的基础。继续推行进口仪器的免税政策，使国产仪器在市场竞争上处于政策上的不利位置，势必使得国内仪器制造商开发新产品时踌躇不前，使我们几十年的努力付诸东流。
当然，要求政府对国内的科学仪器制造商采取与进口仪器一样的免税政策的可能性不大，因为税收毕竟是国民经济的一个重要的收入来源。但为了国产仪器与进口仪器能够在市场上公平的竞争位置，我们呼吁政府对目前的进口仪器免税政策进行重新考虑，对进口仪器采取与国产仪器相同或相似的税收政策。对进口仪器征收的税，可以用来增加高等院校及国有科研机构采购科学仪器的投入。原则上，并没有给国家带来额外的经费负担。在特殊的情况下，对我们国家目前不能自己生产，而科研上又有实际需要的仪器的进口采取一些税收上的优惠政策是合理的，但有关当局应和进口仪器商，使用单位在招标时应采取“一事一议”的方针，真正做到进口仪器合情合理的免税。使我们的国产仪器再市场上能有公平的竞争地位。这种政策的改变必将成为国产仪器发展的一个转折点。
李刚强 国家千人计划特聘专家，科学仪器首席科学家
张良库 实验室业务部销售总监
聚光科技(杭州)股份有限公司
附：关于免税政策的背景
2011年6月14日，财政部 海关总署 国家税务总局发布修改《科技开发用品免征进口税收暂行规定》和《科学研究和教学用品免征进口税收规定》的决定。修改后的规定表示，在2015年12月31日前，科学研究及技术开发机构在合理数量范围内进口国内不能生产或者性能不能满足需要的科技开发用品，免征进口关税和进口环节增值税、消费税。
2016年12月27日，财政部 海关总署 国家税务总局发布《关于“十三五”期间支持科技创新进口税收政策的通知》。该通知自2016年1月1日起实施，2020年12月31日截止。