一、取镜和安放
1.右手握住镜臂，左手托住镜座。
2.把显微镜放在实验台上，略偏左(显微镜放在距实验台边缘7厘米左右处)。安装好目镜和物镜。
二、对光
1.转动转换器，使低倍物镜对准通光孔(物镜的前端与载物台要保持2厘米的距离)。
2.把一个较大的光圈对准通光孔。左眼注视目镜内(右眼睁开，便于以后同时画图)。转动反光镜，使光线通过通光孔反射到镜筒内。通过目镜，可以看到白亮的视野。
三、观察
1.把所要观察的玻片标本(也可以用印有“6”字的薄纸片制成)放在载物台上，用压片夹压住，标本要正对通光孔的中心。
2.转动粗准焦螺旋，使镜筒缓缓下降，直到物镜接近玻片标本为止(眼睛看着物镜，以免物镜碰到玻片标本)。
3.左眼向目镜内看，同时反方向转动粗准焦螺旋，使镜筒缓缓上升，直到看清物像为止。再略微转动细准焦螺旋，使看到的物像更加清晰。
4.高倍物镜的使用：使用高倍物镜之前，必须先用低倍物镜找到观察的物象，并调到视野的正中央，然后转动转换器再换高倍镜。换用高倍镜后，视野内亮度变暗，因此一般选用较大的光圈并使用反光镜的凹面，然后调节细准焦螺旋。观看的物体数目变少，但是体积变大。
四、整理
1.实验完毕，把显微镜的外表擦拭干净。转动转换器，把两个物镜偏到两旁，并将镜筒缓缓下降到最低处，反光镜竖直放置。最后把显微镜放进镜箱里，送回原处。
《注意事项》：
1、严忌单手提取显微镜。
2、若须移动显微镜，务必将显微镜提起再放至适当位置，严忌推动显微镜(推动时造成的震动可能会导致显微镜内部零件的松动，切记!!)，使用显微镜请务必小心轻放。
3、使用显微镜时坐椅的高度应适当，观察时更应习惯两眼同时观察，且光圈及光源亮度皆应适当，否则长时间观察时极易感觉疲劳。
4、转动旋转盘时务必将载物台降至最低点，以免因操作不当而刮伤接目镜之镜头。
5、标本染色或其它任何操作皆应将玻片取下，操作完成后再放回载物台观察，切勿在载物台上操作，以免染剂或其它液体流入显微镜内部或伤及镜头。
6、观察完一种材料，欲更换另一种材料时，务必将载物台下降至最低点，换好玻片后再依标准程序重新对焦，切勿直接抽换标本，以免刮伤镜头或玻片标本。
7、用毕显微镜应将载物台下降至最低点，并将低倍镜对准载物台中央圆孔处，将电源线卷好，盖上防尘罩，并收入存放柜中。