为贯彻落实《国家中长期科学和技术发展规划纲要(2006-2020年)》，进一步加强国家重点实验室建设，提高我国自主创新能力，2007年，中央财政设立了国家重点实验室专项经费，从开放运行、自主选题研究和科研仪器设备更新三方面，加大对国家重点实验室的稳定支持力度。截至目前，中央财政累计安排专项经费173.3亿元，其中2013年安排292个国家重点实验室27.48亿元，包括开放运行和自主选题研究经费20.72亿元，仪器设备购置和升级改造经费6.76亿元。
同时，中央财政创新支持机制和管理方式，注重绩效考评，实行以五年为周期的定期评估机制，结合评估结果，分类分档安排预算，既保障了国家重点实验室的基本正常运行，又调动了其持续创新和发展的积极性。同时，建立了仪器设备购置与全国科技资源清查结果相衔接的机制，避免重复购置。
经过多年的建设与发展，国家重点实验室已发展成为国家组织高水平基础研究和应用基础研究、聚集和培养优秀科技人才、开展高水平学术交流、科研装备先进的重要基地，是我国科技创新体系的重要组成部分，在促进重大科研成果的产生和杰出科学家的培育方面，发挥了不可替代的重要作用。