水质远程自动在线监测系统的主要功能是作为常规水质(水环境)检测的辅助手段，实现对重点监测区域或断面(通常包括交界断面、入口断面、趋势断面、控制断面、湖库和饮用水源等)水质变化趋势的实时在线监视；从而在保持水质常规阶段性全面检测的基础上，可在一定程度上实时掌握流经监测断面的污染物通量和突发性变化，掌握监测断面污染物浓度和通量的时间变化规律，为被测水源和流域污染防治决策和监督管理提供在线监测手段。
    水质自动监测系统是一个较为复杂的遥测遥控系统，其与一般的水利行业SCADA系统相比，在数据自动采集、处理和传输方面没有过多区别(仅检测分析单元的传感器类型不同)；其复杂性主要体现在监测站的采水单元、配水单元的自动监控部分，这是一个因部分水质在线传感器不能直接投入被测水源而引起的，需要具有对每一种监测参数进行水样采集、监测及配水、放水、清洗、反吹以及水样的自动化流程处理过程，这是一个较为复杂且导致系统建设成本急剧加大的要求。因此如何合理选择监测参数(尽量少，以能够达到自动监测目的为依据)，尽量选用可直接投入被测水源的水质监测传感器(如一体化多参数水质在线监测仪)，努力简化系统中的采水单元和配水单元(如一体化水质监测现场装置)，对于建设高性价比的水质自动监测系统是非常重要的。