科学仪器设备的研制与创新直接关系国计民生，特别是在高精尖，或量大面广且具有市场效益的仪器设备领域，以及必须替代进口的社会急需领域。然而恰恰是在这些重要领域，国产科学仪器自主创新难的问题尤为突出。
完整的科学仪器创新过程应该是一个“用—造—用—造”不断重复的过程，这也是科学仪器的本质特征。但在现有的科研及产业环境下，这样的循环体系还很难建立起来。
在国外，科学仪器制造企业通常会“依附”于大学、科研机构，通过搜罗科学家的奇思妙想和他们的一些虽不成熟却具有应用价值的半成品，加以创制、完善，以充实、更新自己的产品体系，以便稳居科学研究领域的技术设备优势地位;或者敏锐把握市场趋势性需求并反馈给科学家和技术人员，鼓励他们开发能够直接解决实际需求的产品。无论哪一种发展模式，从“用”到“造”的不断反复的过程是不可或缺的。因此，大学、科研机构自然地成为科学仪器创制的源头，企业则负责制造环节创新与质量控制。
科学仪器主要是由科学家创造出来的，它的首要目标是满足科研需求、引领新的科学工作。但我国的情况是“造用分开”，国家投钱，科研单位研发、企业制造，科研与制造相互割裂，而不是互为引领。
事实上，在部分高校，自己掏钱、凭着兴趣鼓捣科研仪器的人大有人在。这些老师往往有较充裕的业余时间，有学生帮忙，而且他的工作本身和仪器研发往往有着紧密的联系。但这种纯兴趣的活动和商业的联系非常小，很多情况下走不到成果转化的阶段。
即使出了成果，不少老师倾向于把成果一卖了之，这样虽然避免了转化期的种种瓜葛，但这种半成熟的成果往往因此失去了生命力。
科学仪器市场需求小，但利润较为可观，可能卖一台仪器的利润就够生存几年。这种模式相对比较容易成功，却要承担创业的巨大风险，这让很多老师倒在成功的途中。
据不完全统计，“十一五”以来我国启动的部分科学仪器自主研制相关重大项目或专项国拨投入超过13亿元。高端仪器是科学仪器行业中领军的部分，没有这样的大工程、大项目存在，就不会有整个仪器行业金字塔的底部。市场的土壤，或者说市场性需求任何国家都有，但如果没有大的科学仪器工程、项目做支撑，这个市场将不会长久发展。美国、欧洲的科学仪器行业非常发达，背后都有国家科学计划的支持。
科学仪器不是商业化能够完全操纵的，科学意义和市场有时没有太大关系。同时，国家需要把它上升到准军工行业的高度，继续加大对科学仪器重大科研项目的支撑，并进一步鼓励企业参与创新，因为从“中国制造”到“中国创造”的转变，企业依然是核心力量。