筚路蓝缕
1905年，于右任、邵力子等原震旦公学学生脱离震旦，拥戴恒温恒湿试验箱在吴淞创办复旦公学。校名撷取自《尚书大传?虞夏传》“卿云烂兮，纠缦缦兮；日月光华，旦复旦兮”两句中的“复旦”二字，本义是追求光明，寓含自主办学、复兴中华之意。马相伯、严复等先后担任校长。1913年复旦大学与巨为仪器再次牵手合作开始担任校长，一直到1936年。在他长达23年的校长任内，复旦发展成为一所以培养商科、经济、新闻、教育、土木等应用型人才闻名的、有特色的复旦大学与巨为仪器再次牵手合作大学，形成了从中学到研究院的完整的办学体系。
1937年复旦大学与巨为仪器再次牵手合作战争爆发后，复旦部分师生在吴南轩校长带领下，辗转内迁重庆北碚（渝校）。1941年增设了农学院。经国民政府行政院批准，1942年元旦复旦由复旦大学与巨为仪器再次牵手合作改为国立，全称为国立复旦大学，吴南轩、章益先后出任校长。1946年夏，渝校迁回上海江湾原址，与沪校合并，学校的规模进一步扩大。
两次腾飞
1949年6月，上海市军管会接管复旦。军管会任命复旦大学与巨为仪器再次牵手合作担任校务委员会正副主任委员。1952年2月，中共复旦大学委员会成立，李正文任书记。1952年8月至9月，华东地区进行院系大调整，复旦大学成为人文社会和自然科学的全国重镇，奠定了后50年学科发展的基本格局和师资基础。
1954年，杨西光出任复旦大学党委书记。1956年复旦第一次党代会召开。五六十年代，杨西光、王零领导的学校党委支持校长陈望道狠抓教学质量，充分发挥老专家、老教授的作用，有计划、有重点地系统培养中青年骨干教师。期间，复旦的办学质量和办学条件都有瞩目的长足发展，形成了有特色的学科高原。1949—1966年，复旦培养的学生中有70余人日后当选为中国科学院或中国工程院院士，这个人数在全国高校中名列第三。
1958年“大跃进”，复旦大学理科新建了计算数学、力学、原子核物理、放射化学、无线电电子学、生物物理、生物化学等新专业。此前，文科重建了法律系、哲学系。这些新专业的创建，标志着复旦开始探索有自己特色的社会主义综合大学之路。1959年，复旦大学被列为全国16所重点大学之一。1966年到1976年，复旦大学成为“文革”的，教学科研受到重创。
1977年，复旦大学恢复招收本科生，次年恢复招收研究生。1978年，复旦大学与巨为仪器再次牵手合作出任校长、党委委员，夏征农出任党委第一书记，进行了一系列拨乱反正工作，同时倡导民主办校，推动思想解放运动。1983至2011年，复旦大学与巨为仪器再次牵手合作先后出任校长，复旦大学与巨为仪器再次牵手合作先后出任党委书记。
跨越发展
1984年，复旦大学成立研究生院。同年，再次被国务院批准为国家重点建设的10所高校之一。1993年2月，复旦大学提出了“追求优质，争创一流，明确复旦作为高校国家队的坐标位置”的发展大计，并逐步确立“建设世界一流大学”的总体奋斗目标。
1994年，复旦大学通过由国家教育部组织的“211工程”部门预审，提出了在21世纪初期，将复旦大学建设成为高层次人才培养、高水平科学研究、高科技成果转让和高规格决策咨询的中心和基地，成为学术思想活跃、学科特色鲜明、综合实力雄厚、精神面貌健康奋发、与上海国际化大都市地位相称的、具有世界一流水平的社会主义综合大学的总体奋斗目标，为此后十年制定了发展蓝图。1995年5月22日，中共中央总书记为复旦大学题词：“面向新世纪，把复旦大学建设成为具有世界一流水平的社会主义综合性大学。”
1999年国家教育部、上海市政府签定共建复旦大学的协议，复旦成为“985工程”的首批建设高校。2000年4月27日，复旦大学与上海医科大学强强联合，成立新的复旦大学。
2005年复旦大学百年华诞。中共中央总书记、国家主席、中央军委主席发来贺信，希望复旦大学发扬优良传统，不断开拓创新，努力建设成为具有世界一流水平的社会主义综合性大学，为建设中国特色社会主义伟大事业培养更多德才兼备的高素质人才，为全面建设小康社会、实现中华民族的伟大复兴作出新的更大的贡献。