气相色谱仪近年来在各领域都得到了广泛的应用，在石油、化工、医药卫生、食品工业等行业中都有良好应用。在气相色谱仪的使用当中，用户会遇到各种各样的问题，这些问题一方面来自气相色谱仪的产品质量，另一方面于仪器的使用环境是否良好和操作人员的操作是否得当等息息相关。
1. 环境条件
气相色谱仪的使用环境的温度要求并不苛刻，一般在5-35℃的室温条件下即可正常运行。但放置气相色谱仪的实验室环境湿度一般控制在20%~85%为宜。在湿度比较大的地区，使用配备有氢火焰离子化检测器的气相色谱仪时，会因湿度过大而导致放大器绝缘性能下降，若在高灵敏度挡上操作，会使得仪器的响应值下降。故，气相色谱仪的操作人员在使用仪器时，若遇到上述现象，则可采取相对应的措施。
2. 气体纯度
气相色谱仪的使用需要配备相应的载气，所用气源纯度需达99. 99%以上。不同检测器对不同气源的纯度要求不同，作为气相色谱仪的操作者，应对气体纯度有足够的重视。仪器使用过程中，有可能因气源纯度不够而导致检测器检测限高且基线不稳定。如果载气纯度不高，又含有微量氧时，可能会减短毛细管柱的使用寿命。
3. 气流比例
气流比例的选择，例如，对于配备氢火焰离子化检测器的气相色谱仪，需要N2-H2-Air焰，点燃后应为富氧焰，即空气应过量，以保证氢气完全燃烧，3种气体的最佳比例为N2：H2= 1：( 0.85~1)，Air：H2= (6~8)：1 或空气量更大。在此条件下，检测器灵敏度高、稳定性好，作出的定量校正因子可靠。
气相色谱仪在平时使用中如果出现故障，先排查一下相关的实验环境，一方面有利于仪器的日常维护，另一方能减少不必要的气相色谱仪维修成本。