细胞器是细胞内具有特定形态结构和功能的微器官，通常由磷脂双层分开包裹。类似于身体的器官，细胞器是专门执行正常细胞操作的功能单位，其功能包括从为细胞产能到控制细胞生长和繁殖的各个方面。细胞器提取富集简化了蛋白质组学分析，结合蛋白质代谢功能分析能够帮助我们深入了解与细胞功能相关的一些疾病。

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细胞核(nucleus)是真核细胞内zui大、zui重要的细胞结构，是细胞遗传与代谢的调控中心，是真核细胞区别于原核细胞zui显著的标志之一（极少数真核细胞无细胞核，如哺乳动物的成熟的红细胞，高等植物成熟的筛管细胞等）。它主要由核膜（nuclear membrane）、染色质（chromatin）、核仁(nucleolus)、核基质（nuclear matrix） 等组成。

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细胞核是细胞内遗传信息的储存、复制和转录的主要场所。它是英国科学家布朗于1831年发现并命名的。大多呈球形或椭圆形。通常一个,也有两个或多个的。借双层多孔的核膜与细胞质分隔。核内含有核液、染色质(或染色体)和核仁。



线粒体（mitochondrion）是一种存在于大多数细胞中的由两层膜包被的细胞器，是细胞中制造能量的结构，是细胞进行有氧呼吸的主要场所，被称为"power house"。其直径在0.5到1.0微米左右。



除了溶组织内阿米巴、篮氏贾第鞭毛虫以及几种微孢子虫外，大多数真核细胞或多或少都拥有线粒体，但它们各自拥有的线粒体在大小、数量及外观等方面上都有所不同。

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线粒体拥有自身的遗传物质和遗传体系，但其基因组大小有限，是一种半自主细胞器。除了为细胞供能外，线粒体还参与诸如细胞分化、细胞信息传递和细胞凋亡等过程，并拥有调控细胞生长和细胞周期的能力。



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