1：圆形柱箱的设计：
　　 温度参数及温控精度，在气相色谱仪技术中占有十分重要的作用，温度参数的选择及温控精度、尤其是色谱柱（柱箱）温度的控制精度、柱箱有效空间的温度场均匀性以及程序升温的重复性，都直接影响灵敏度、稳定性、色谱组份峰的分离及定性定量分析精度。
　　 国内外色谱仪的柱箱都是设计制造成传统的方形柱箱，这就必然使提高温控精度和温度场的均匀性受到限制。理想化设计的柱箱应该是圆形的， GC9900 型气相色谱仪就采用了圆形柱箱，虽然增加了加工难度，但实践证明完全清除了方形柱箱四角死区，保证了柱箱有效空间温度场的绝对均匀性，大大提高了柱箱控温精度和程序升温重复性。这对于提高定性定量分析精度是十分有效的。

2：色谱分析单元模块化设计：
　　 许多单位和部门（例如：高校分析测试中心、技术监督局产品质量监督检测所、卫生防疫站、环境监测站、公安系统理化检测室、食品农残检测、各行业的检测站或分析中心、大企业的科研所等等），都希望在购进的一台气相色谱仪上能快速应用分析品种繁多的各类样品。在实际应用中往往更换一类品种的样品，就必需随之需要更换适合该样品的色谱柱、检测器和进样器系统，而要更换仪器中这三个核心部件并快速调试好仪器，使其快速达到正常工作的状态，是不容易做到的，尤其是更换装接毛细柱不易保持重复性，更换 ECD 需老化、更换进样器（汽化室）需拆下来清洗高温老化等等，往往需要2、3天以上时间才能调试好仪器，这是普遍存在的问题。
　　 GC9900 型气相色谱仪突出的创新和专利设计，就是将仪器上这三个核心部分做成三位一体的色谱分析单元模块。这就圆满解决了上述存在的问题。实践证明在使用过 FID 毛细柱系统后，更换成做 ECD 毛细柱系统并将仪器调试正常仅需要不到一小时。

3：单元组合化的整机设计：
　　 GC9900 型气相色谱仪的整机设计成五个单元组成：①电机风叶搅拌的柱箱加热单元 ( 带后开门系统 ) ，②色谱分析单元 ( 包括色谱柱、检测器、进样器一体化 ) ③温度控制单元，④检测电路单元⑤气路控制单元。
　　 由于单元的设计和制造是充分考虑到通用化、标准化的原则，所以，将不同单元的搭配组合就可非常容易地组成不同性能、不同功能适应不同类型样品的分析要求。
　　 这样，生产制造、调试检验、维护检修、携带运输都很方便，对分布在国内外的代理商、技术服务点的工作人员也带来了最方便最有利的条件。

4：微机温控的高集成度电路和快速展开式结构设计：
　　 GC9900 型气相色谱仪上的微机温控与柱箱加热单元一样是所有各种机型的基础单元，在完成了高集成度、高可靠性的微机温控电路设计的同时，简单又巧妙地引用导轨和面板铰链，做到可快速展开式地结构设计，在需要检查和维修时，仅需几秒钟内就全部打开，检查十分方便。不断创新改进的第五代高集成度、高可靠的微机温控电路设计，其可靠性可使用户十分放心。

5：检测电路按键式操作设计：
　　 传统的检测电路，在操作上大多还采用电位器调零，用波段开关或琴键开关来实现增益选择和衰减选择的操作，这些元器件往往用久后会接触不良或损坏，造成基线不稳定和不能正常工作严重影响使用者的工作。
　　 GC9900 型气相色谱仪的检测电路单元都按全新的按键式操作设计，又增加输出讯号的数字显示，不仅面板清晰美观，操作十分方便，而且可靠性大大提高